Browsing by Author "Karahan, Zeynep Ceren"
Now showing 1 - 6 of 6
Results Per Page
Sort Options
Item Ankara'daki çeşitli hastanelerde değişik yöntemler ile toksin pozitifliği saptanan dışkı örneklerinden elde edilen clostridium difficile izolatlarının toksin genlerinin araştırılması, pcr ribotiplendirimi ve ribotipler ile antimikrobiyal duyarlılıkları arasındaki ilişkinin ortaya çıkarılması(Tıp Fakültesi, 2015) Salman, Emrah; Karahan, Zeynep Ceren; TıpClostridium difficile infection is one of the most common hospital-acquired infections. Hypervirulent strains of C. difficile which produce toxins at high levels (PCR ribotype 027) and are characterized by a high sporulation ratio and higher resistance rates for fluoroquinolones. Infections caused by C. difficile PCR ribotype 027 also have higher morbidity and mortality, more complications and relapses. If highly pathogenic strains of C. difficile such as ribotype 027 arise in a country, it should be identified before causing a severe outbreak. Otherwise it can lead to the serious morbidities such as colectomies, increase in mortalities and remarkable costs in health services. To reduce the risk in the unaffected countries and mitigate the consequences of future outbreaks, surveillance activities should be implemented in order to investigate the factors thorough evidence based medicine. In this study fecal samples were collected from inpatients hospitalized at different hospitals in Ankara (Ankara University School of Medicine and Hacettepe University School of Medicine) and from who applied to a Private Laboratory (Düzen Laboratory Groups) in Ankara. After isolating C. difficile from fecal samples, DNA of the isolates were extracted. Antimicrobial susceptibility and presence of toxin genes were investigated. All of the strains were found to be susceptible to vancomycin and metronidazole. Three strains had a minimum inhibitory concentration (MIC) of >4 µg/ml and were resistant to moxifloxacin. One strain had a minimum inhibitory concentration (MIC) of >256 µg/ml and was resistant to clindamycin also two strains had a minimum inhibitory concentration (MIC) of >256 µg/ml and were resistant to erythromycin. Seventeen isolates had a minimum inhibitory concentration (MIC) of 2-8 µg/ml and were intermediate to clindamycin also five strains had a minimum inhibitory concentration (MIC) of 2-8 µg/ml and were intermediate to erythromycin. All of the strains were found to carry tcdA and tcdB genes. On the other hand, only one C. difficile strain (1.6%) was found to carry the "binary" toxin (cdtA and cdtB) genes in 61 strains. Bi-directional DNA sequence analysis was performed on the amplified tcdC gene in order to investigate the presence of deletion which defines the PCR ribotype 027 strains and other rare single nucleotide polymorphisms. One C. difficile strain was found to carry a 54 bp deletion also 12 strains were found to carry various single nucleotide polymorphisms. In the evaluated strains, PCR ribotype 027 wasn't detected but there was the first hypervirulent strain in Turkey.Item Dolaşım sistemi enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen metisiline dirençli staphylococcus aureus (MRSA) izolatlarında makro e-test yöntemi ile vankomisine azalmış duyarlı s. aureus (VISA) ve vankomisine heterojen dirençli (HVISA) sıklığının ve bu suşların moleküler genetik özelliklerinin araştırılması(Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2016) Çapın, Özben Büşra Betül; Karahan, Zeynep Ceren; Tıbbi MikrobiyolojiMetisiline dirençli Staphylococcus aureus (MRSA) kökenlerinin etken olduğu enfeksiyonların tedavisinde ilk seçenek antimikrobiyal vankomisindir. Günümüzde MRSA suşları içerisinde vankomisine dirençli (VRSA), azalmış duyarlı (VISA) ve heterojen dirençli (hVISA) kökenler bulunmaktadır. Bunlar arasında, rutin antimikrobiyal duyarlılık testleri ile değerlendirildiğinde glikopeptidler için minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri "duyarlı" kategorisinde bulunan hVISA kökenleriyle gelişen enfeksiyonlarda, popülasyon içinde duyarlılığı azalmış alt popülasyonlar bulunması nedeniyle tedavi başarısızlıkları görülebilmektedir. Bu çalışmada kan kültürlerinden dolaşım sistemi enfeksiyonu etkeni olarak izole edilen MRSA izolatları arasında VISA ve hVISA varlığının araştırılması ve bu kökenlerin diğer antimikrobiyallere duyarlılık profillerinin ve moleküler epidemiyolojik özelliklerinin belirlenmesi amaçlanmıştır. 2001-2014 yılları arasında İbni Sina Hastanesi Merkez Mikrobiyoloji Laboratuvarına gönderilen kan kültürlerinden üretilen, konvansiyonel yöntemler ve otomatize sistemler [BD Phoenix System (Becton Dickinson, ABD) Bruker Microflex MALDI-TOF MS Maldi Biotyper (Bruker Daltonics, Bremen, Almanya)] kullanılarak tanımlanan ve sefoksitin diski tarama yöntemiyle metisilin direnci belirlenen 127 MRSA suşu çalışmaya alınmıştır. İzolatların vankomisin ve teikoplanin için MİK değerleri sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlenmiş, diğer antimikrobiyallere (seftarolin, gentamisin, amikasin, eritromisin, tetrasiklin, siprofloksasin, levofloksasin, klindamisin, trimetoprim-sulfametaksazol, kloramfenikol rifampin, kinupristin-dalfopristin ve linezolid) duyarlılıkları ise Kirby-Bauer disk difüzyon testi yöntemiyle çalışılarak sonuçlar EUCAST (v 6.0, 2016) kriterleri ile değerlendirilmiştir. hVISA şüpheli izolat varlığı makro E-test yöntemi ile taranmıştır. Çalışmada, Mu3 (ATCC 700698) ve ATCC 29213 Staphylococcus aureus kökenleri sırasıyla hVISA ve MSSA kontrolleri olarak kullanılmıştır. İzolatların tümü glikopeptidlere duyarlı olarak değerlendirilmiş, MİK değerleri vankomisin için 0,25-1 µg/ml, teikoplanin için ise 0,06-2 µg/ml arasında bulunmuştur. Kirby-Bauer disk difüzyon testi yöntemi ile izolatların tamamı linezolid ve kinupristin-dalfopristine duyarlı bulunmuştur. İzolatların tamamı tetrasikline dirençli ve tamamına yakını ( > % 96) aminoglikozidlere, florokinolonlara ve rifampisine dirençlidir. Trimetoprim-sülfametoksazole direnç %3,94'tür. İzolatların %62,2'si klindamisine dirençlidir ve bunların %40'ı (n=30) indüklenebilir dirence sahiptir (D-test pozitif). S. aureus izolatlarının, özellikle MRSA gibi çoklu dirençli gram-pozitif bakterilere yüksek etkinlik gösteren ve ülkemizde henüz kullanıma giren yeni kuşak bir sefalosporin olan seftaroline duyarlılığı %58,3 olarak bulunmuştur. VRSA tespit edilmemiştir. Makro E-test yöntemi ile 2004 ve 2005 yılına ait birer, 2009 ve 2014 yıllarına ait ikişer adet olmak üzere toplam altı izolat (%4,7) hVISA şüpheli olarak bulunmuştur. hVISA izolatlarının tespitinde altın standart olarak kabul edilen "eğri altında kalan alanın popülasyon analizi profili (PAP-AUC)" yöntemi ile hVISA tespit edilmemiştir. İzolatların tamamı SCCmec tip-III, %96,9'u sea geni bulundurmakta, %93,7'si agr tip-1 lokusu taşımaktadır.Item Invaziv ve invaziv olmayan örneklerden izole edilen candida albicans suşlarının genotip dağılımı(2007) Sarıkoyuncu Değerli, Esra; Dolapçı, Güllü İştar; Karahan, Zeynep Ceren; Tekeli, Alper; Arıkan Akan, ÖzayItem Mycobacterium tuberculosis suşlarının polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile genotiplendirilmesi(2007) Karahan, Zeynep Ceren; Tekeli Atalay, Alper; Akar, M. NejatItem Tüberküloza genetik yatkınlıkKarahan, Zeynep Ceren