Browsing by Author "Cantekin, Zafer"

Now showing 1 - 4 of 4
  • No Thumbnail Available
    Item
    Isolation of Clostridium sordellii from abomasum lesions of lambs in Turkey
    (2008) Akan, Mehmet; Sareyyüpoğlu, Barış; Öncel, Taner; Tel, Osman Y.; İlhan, Ziya; Cantekin, Zafer
    In this study, the isolation of C. sordellii from abomasum lesions of lambs and the confirmation of the isolates by polymerase chain reaction (PCR) was attempted. A total of 298 abomasal specimens (swabs) obtained from lambs of 4 to 8 months of age were investigated. Sampled swabs were inoculated onto blood agar plates and incubated anaerobically. Following the incubation grown colonies were identified according to their morphological and biochemical characteristics. C. sordellii was isolated from 17 of 298 specimens (5.7%). These bacteria were also confirmed to harbour C. sordellii DNA by PCR. In conclusion, the presence of C. sordellii in abomasum lesions was demonstrated in Turkey for the first time with this study. Bu çalışmada kuzuların abomazum lezyonlarından Clostridium sordellii izolasyonu ve izolatların polimeraz zincir reaksiyonu ile doğrulanması amaçlandı. Çalışma kapsamında 4-8 aylık yaştaki koyunlardan toplanan 298 abomazumdan alınan svab örnekleri incelendi. Sıvabların kanlı agarlara ekimi gerçekleştirilerek anaerobik ortamda inkube edildi. İnkubasyonu takiben şekillenen koloniler morfolojik ve biyokimyasal özelliklerine göre identifiye edildi. İncelen 298 materyalin 17 (% 5.7)’sinde C. sordellii izole edildi. İzolatlar PCR ile C. sordellii DNA’sı yönünden doğrulandı. Sonuç olarak, bu çalışma ile abomazum lezyonlarından C. sordellii izolasyonu Türkiye’de ilk kez gerçekleştirildi.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Kanatlı orijinli Escherichia coli suşlarının virülens özelliklerinin fenotipik ve moleküler metotlarla belirlenmesi
    (Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2008) Cantekin, Zafer; İzgür, Müjgan
    Bu çalışmada kolibasillozisli kanatlı hayvanlardan izole edilen 200 adet E. coli suşunda, özellikle ekstra-intestinal infeksiyonlar için önemli olan virülens faktörlerinden serum direnci, aerobaktin demir elde etme sistemleri, mannoz duyarlı hemaglutinasyon (tip 1 fimbrialar) ve mannoz dirençli hemaglutinasyon (P fimbrialar, S fimbrialar ve afimbrial adezinler) özellikleri, alfa-hemoliz ve sitotoksik nekrotizan faktör 1 gibi virülens özellikleri fenotipik yöntemlerle ve bu özellikleri kodlayan genlerin varlığı moleküler yöntemlerle araştırıldı.Çalışmada suşlar koyun kanlı agar kullanılarak yapılan testle hemoliz üretimi ve moleküler olarak hemoliz özelliğini kodlayan gen yönünden negatif bulundu. Suşların tamamının demir kısıtlayıcı besiyerinde ürediği ve bu suşların %88'inin aerobaktin özelliğini kodlayan İucD genine sahip oldukları saptandı. Vero hücre kültürleri kullanılarak yapılan toksin analizlerinde suşların %40'ında ısıya duyarlı toksin belirlendi, ancak suşlarda fenotipik ve moleküler olarak sitotoksik nekrotizan faktör 1 belirlenemedi. İnsan O grubu ve değişik hayvanlara ait eritrositler kullanılarak yapılan hemaglutinasyon testi ile suşların %90'ında hemaglutinasyon aktivitesi saptandı ve bunların %26'lık kısmının MRHA özelliğinde olduğu belirlendi. Tip 1 fimbriaları kodlayan FimH geni suşaların %88'inde, P fimbriaları kodlayan PapEF geni %26'sında bulundu ve bu izolatların %14'lük kısmının aynı zamanda PapC genini de bulundurduğu saptandı. Ancak, suşlarda S fimbrialar ve afimbrial adezinleri kodlayan Sfa ve Afa genleri belirlenemedi. Değişik hayvanlara ait serumlarla yapılan testte suşların tamamında serum direnci fenotipik olarak saptandı ve serum direncinden sorumlu TraT geni suşların %90'ında PCR ile belirlendi.Bu çalışmada elde edilen sonuçlara göre, APEC suşlarında en önemli virülens özelliklerinin aerobaktin demir elde etme sistemleri, fimbrial adezinler ve serum direnci olduğu belirlenmiştir. Virülens ile ilgili olarak düşünülen hemolizin ve Sitotoksik Nekrotizan Faktör 1 özelliklerinin, kanatlı orijinli E.coli suşlarının virülensinde önemli olmadığı sonucuna varıldı. Virülens özelliklerinin belirlenmesinde fenotipik ve PCR temelli yöntemlerin benzer sonuçlar verdiği belirlendi. APEC suşlarında önemli virülens faktörlerinin birlikte değerlendirilmesinin, bu suşların tiplendirilmesinde daha yararlı sonuçlar vereceği ortaya konulduAbstractIn this study, virulence factors (which were particularly important for extra-intestinal infections) such as serum resistance, aerobactin iron uptake systems, mannose-sensitive (type 1 fimbria) and mannose-resistant haemagglutination (P fimbria, S fimbria, afimbrail adhesins), alfa-haemolysis and cytotoxic necrotizing factor 1 in 200 E. coli isolates from poultry with colibacillosis, were investigated by both phenotypic methods and molecular methods by investigating the genes encoding these factors.Strains were detected to be negative in haemolysin synthesis tests performed with sheep blood agar, and they were negative in molecular tests investigating the haemolysin gene. All strains grew on iron deficient medium and 88 % of these were found to harbor iucD gene encoding aerobactin. Heat-labile toxin was detected in 40 % of the isolates in the toxin analyses performed in Vero cells, however, cytotoxic necrotizing factor 1 could not be determined in the strains with phenotypic and molecular tests. Haemagglutination activity was determined in 90 % of strains in haemagglutination tests performed with human O group erythrocytes and ehrythrocytes derived from different animals. Twenty six percent of these strains were found to have MRHA activity. FimH gene encoding type 1 fimbria, papEF gene encoding P fimbria, were detected respectively in 88 % and 26 % of the strains, and 14 % of all isolates were also found to harbor the papC gene also encoding the P fimbria. However, sfa and afa genes encoding S fimbria and afimbrial adhesins, respectively, could not be detected in the study. Serum resistance was phenotypically determined in all strains in the tests performed with sera derived from different animals and traT gene encoding serum resistance were detected in 90 % of strains by PCR.In the study, serum resistance, aerobactin iron uptake systems and the existence of fimbrial adhesins were determined as the most important virulence factors of avian pathogenic E. coli isolates.
  • No Thumbnail Available
    Item
  • No Thumbnail Available
    Item
    Use of a multiplex-polymerase chain reaction for detection of Salmonella and Chlamydophila psittaci from caged birds
    (2009) Sareyyüpoğlu, Barış; Cantekin, Zafer
    In this study, development of a multiplex-PCR (m-PCR) assay for identification of Salmonellosis and Psittacosis in caged birds was aimed. DNAs extracted from Salmonella spp. strains from the collection of our department and Salmonella spp. isolates from caged birds in addition to the extracted DNA samples belong to two different Chlamydophila psittaci clinical strains (strain 6BC and a strain isolated from a parakeet), constituted the material of the study. A m-PCR assay was developed which use iroBF and iroBR primers to specifically amplify 606 bp sequence of iroB gene of Salmonella spp. DNA in the same reaction mix and with the same conditions, CpsiA and CpsiB primers were used to amplify 300 bp sequence of pmp gene of C. psittaci. The specificity and the sensitivity of the assay were determined by using positive controls (Salmonella and Chlamydia DNA samples). We believe that the newly developed m-PCR assay is a fast, reliable and an economic assay, which has the potential for direct identification of Salmonella spp. and C. psittaci from the clinical samples. Bu çalışmada, Salmonellosis ve Psittacosis’in tanısında kullanılmak üzere bir multipleks-polimeraz zincir reaksiyonu (m-PZR) tekniği geliştirilmesi amaçlandı. Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı suş koleksiyonunda yer alan Salmonella suşları, kafes kuşu orijinli Salmonella izolatları ve bunlardan izole edilen DNA örnekleri dışında yurt dışından sağlanan ve iki farklı Chlamydophila psittaci klinik suşundan izole edilmiş DNA örnekleri çalışma materyalini oluşturdu. Çalışmada, Salmonella türlerinde iroB genini kodlayan sekansın 606 bp’lik porsiyonunu spesifik olarak amplifiye eden iroBF ve iroBR primer çifti ile Chlamydophila psittaci’nin pmp genlerinin 300 bp’lik sekansını amplifiye eden CpsiA ve CpsiB primer çiftinin aynı reaksiyon karışımı ve şartlarında çalışacağı bir m-PZR tekniği geliştirildi. Pozitif kontrol Chlamydophila psittaci DNA’larının dışında, kendi laboratuvar izolatları ve suşlarından izole edilen DNA örnekleri kullanılarak tekniğin spesifite ve sensitivitesi de belirlendi. Sonuç olarak, klinik materyallerden direkt tanı potansiyeli de bulunan tekniğin kafes kuşlarında Salmonella spp. ve C. psittaci’nin tanısında hızlı, güvenilir ve ekonomik bir teknik olduğu düşünülmektedir.