Edirne, Tekirdağ, Kırklareli'nden toplanan Tuber rufum örneklerini doğal olarak enfekte eden rna mikovirüslerinin tanımlanması ve moleküler olarak nitelendirilmesi
No Thumbnail Available
Date
2024
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Ankara Üniversitesi
Abstract
Bu çalışmanın amacı, Edirne, Tekirdağ ve Kırklareli illerinden toplanan Tuber rufum örneklerindeki doğal viral enfeksiyonlara ait RNA mikovirüslerinin saptanması ve moleküler analizlerinin yapılmasıdır. Arazi çalışmaları sonucunda elde edilen Tuber rufum'ların geleneksel ve moleküler yöntemler kullanılarak teşhisleri yapılmıştır. Tuber rufum örneklerinden genomik DNA izolasyonu CTAB yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Ribozomal RNA gen bölgeleri PCR ile çoğaltılmıştır. Amplikonlar, BLASTn analizleri kullanılarak incelenmiş ve filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. dsRNA ekstraksiyonu gerçekleştirilmiş ve S1 nükleaz kullanılarak dsRNA'lar muamele edilip analiz edilmiştir. dsRNA'lar rPCR ile çoğaltılmış, saflaştırılmış ve yeni nesil dizileme ile analiz edilmiştir. Terminal bölgelerin çoğaltılması için RACE PCR ve Sanger dideoksi yöntemi kullanılmıştır. Elde edilen viral genom dizileri biyoinformatik ve filogenetik olarak analiz edilmiştir. Bu çalışmada, Tuber rufum'u enfekte eden iki mikovirüs ilk defa tanımlanmıştır. "Tuber rufum mitovirus 2" olarak adlandırılan mitovirüsün tam genomu elde edilmiştir ve "Tuber rufum mitovirus 3" olarak adlandırılan mitovirüsün tüme yakın genom dizisi elde edilmiştir.
This study focuses on detecting RNA mycoviruses associated with natural viral infections in Tuber rufum samples collected from the provinces of Edirne, Tekirdağ, and Kırklareli, and conducting molecular analyses. Traditional and molecular diagnoses were conducted on wild Tuber rufum mushrooms obtained from fieldwork. Genomic DNA isolation from Tuber rufum samples was performed using the CTAB method. Ribosomal RNA gene regions were amplified via PCR. The resulting amplicons were analyzed using BLASTn and phylogenetic trees were constructed. dsRNA extraction was performed, followed by treatment and analysis of dsRNAs using S1 nuclease. The dsRNAs were amplified, purified, and analyzed using next-generation sequencing. RACE PCR and Sanger dideoxy sequencing were employed to amplify the terminal regions. The obtained viral genome sequences were subjected to bioinformatic and phylogenetic analyses. In this study, two mycoviruses infecting Tuber rufum were identified for the first time. The complete genome of the mitovirus called "Tuber rufum mitovirus 2" was identified and the near-complete genome sequence of the mitovirus called "Tuber rufum mitovirus 3" was identified.
Description
Keywords
Tuber rufum, Fungal virüsler, dsRNA, Enfeksiyon, Mikoviral biyoçeşitlilik, Viral genomiks, ITS