Buzağılarda enterik calicivirus (BEC) enfeksiyonlarının moleküler epidemiyolojisi
No Thumbnail Available
Files
Date
2016
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Abstract
Buzağılarda BEC Enfeksiyonlarının Moleküler Epidemiyolojisi Bu çalışmada, farklı illerde (Aksaray, Amasya, Ankara, Bursa, Çankırı, Denizli, Eskişehir, İzmir, Kırklareli ve Şanlıurfa) yerleşik entansif sığır yetiştiriciliği işletmeleri ya da küçük aile işletmelerinde gözlenen ishal olguları sırasında 167 ishalli buzağılardan temin edilen gaita örneklerinde BEC'lerin (BoNoV ve Nebovirus) varlığının yanı sıra diğer bazı enteropatojenler (BRV, BCV, vb) de sorgulanmıştır. Bu amaçla BEC RdRp gen bölgesini hedef alan Onestep-RT-PCR sonrasında Nested-PCR uygulanmış, test edilen gaita örneklerinin 76'sı BEC yönünden pozitif bulunmuştur. Saptanan BEC pozitif materyaller, BoNoV ve Nebovirus yönünden incelendiğinde 56'sında BoNoV, 37'sinde Nebovirus varlığı saptanmış ve 17 gaita örneği söz konusu her iki etken yönünden de pozitif bulunmuştur. Ayrıca BEC tespiti verileri örneklenen hayvanların yaşı, örneklemenin yapıldığı mevsim ve diğer enteropatojenler ile çoklu enfeksiyonlar yönünden de incelenmiştir. RdRp gen bölgesi dizin analizi bilgileri 34 BoNoV için elde edilmiş olup, filogenetik analiz sonucunda, 25 BoNoV daha önce de Türkiye'de ishalli buzağılardan saptanmış olan GIII.2 genotipinde, 9 BoNoV ise ilk kez bu çalışma bildirilen GIII.1 genotipinde olarak tanımlanmıştır. Nebovirusların tümünün Nebraska-benzeri olduğu tespit edilmiştir. RdRp gen bölgesi dizin bilgilerine sahip olunan BoNoV suşlarından kapsit gen bölgesi dizin bilgileri de elde edilebilen ikisinin rekombinant suş (GIII.P1/GIII.2) olduğu, diğerlerinin RdRp gen bölgeleri ile uyumlu kapsit yapısına sahip olduğu saptanmıştır. Kapsit gen bölgesi dizin analizi yapılabilen iki Nebovirus suşunun filogenetik ağaçta farklı Lineage'larda (Lineage 3 ve 4) yer aldığı görülmüştür. Sonuç olarak bu çalışmada hem entansif işletmelerde hem de küçük aile işletmelerinde görülen buzağı ishallerinin oluşumunda BEC'lerin tek başına ya da diğer enteropatojenlerle birlikte önemli rol oynadığı saptanmıştır. Ayrıca bu çalışmada Türkiye'de Nebovirus ve GIII.1 genotipli BoNoV'ların tespitinin yanısıra bu virusların rekombinant suşlarının varlığı da ilk kez tanımlanmıştır.
Description
Keywords
Buzağı, enterik calicivirus