Ankara keçilerinde tiftik gelişimini etkileyen genlerin RNA dizileme yöntemiyle belirlenmesi
No Thumbnail Available
Date
2023
Authors
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Ankara Üniversitesi
Abstract
Ankara keçisinden önemli bir lif kaynağı olan tiftik elde edilmektedir. Geçmiş yıllarda tiftik üretiminde dünyada birinci sırada olan ülkemiz günümüzde bu özelliğini yitirmiş durumdadır. Yapılan bazı çalışmalarda tiftik verimi özelliği bakımından da Ankara keçisi Lalahan ve Eskişehir varyetesinin birbirinden farklı olduğu belirtilmektedir. Tiftiğin ekonomik değerini belirleyen en önemli özellikler tiftiğin lif çapı ve miktarıdır. Tiftik üretimi yapılan ülkelerde bu özelliklerin iyileştirilmesine çalışılmaktadır. Hayvansal lifleri oluşturan kıl folikülü özelliklerinin ve/veya genetik düzenleme mekanizmalarının lif üretimini ve kalitesini doğrudan etkilediği belirtilmektedir. Yapılan bu çalışmayla Ankara keçisine ait iki varyetede tiftik gelişimine etki eden genlerin ve bu genlere etki eden moleküler mekanizmaların belirlenmesi hedeflenmiştir. Tiftik- mikroçevre arasında meydana gelen olayların incelenmesinin kaliteyi artırmada yol gösterici olabileceği düşünülerek anagen (Eylül ayı), katagen (Ocak ayı) ve telogen (Mart ayı) fazında omuz bölgesinden biyopsi örneği alınmıştır. Bu biyopsi örneklerinin RNA izolasyonu yapılmış ve RNA dizileme yöntemi kullanılarak farklı eksprese edilen genler ve bu genlerin etkili olduğu yolaklar belirlenmiştir / analiz edilmiştir. Dişi Eskişehir varyetesinde katagen ve telogen fazının karşılaştırıldığı grupta KRTAP8-1, KRTAP16.4 ve KRTAP21-1 genlerinin ekspresyonunun oldukça yüksek olduğu görülmüştür. İlginç olarak KRTAP21-1 geninin dört farklı protein izoformu halinde eksprese edildiği belirlenmiştir. Eskişehir varyetesinde Lalahan varyetesinin aksine erkeklerde anagen-katagen karşılaştırılmasında belirlenen DEG'lerin keratinizasyon yolağında önemli ölçüde fonksiyonel olduğu ve bu genlerin düşük ekspresyon seviyesine sahip olduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, KRT ve KRTAP genlerinin oldukça fonksiyonel olduğunu, dişiler ve erkekler arasında farklı ekspresyon modellerine sahip olduğunu, ayrıca Eskişehir ve Lalahan varyeteleri arasında farklı olduğunu göstermiştir.
Mohair, an important source of fiber, is obtained from Angora goats. Our country, which ranked first in the world in mohair production in the past years, has lost this feature today. In some studies, it is stated that Lalahan and Eskisehir varieties of Angora goats are different from each other in terms of mohair yield as well as some other characteristics. The important characteristics that determine the economic value of mohair are fiber diameter and quantity. In countries where mohair is produced, efforts are made to improve these characteristics. It is stated that hair follicle characteristics and/or genetic regulations mechanisms that form animal fibers directly affect fiber production and quality. In this study, it was aimed to determine the genes affecting mohair development in two varieties of Angora goat and the molecular mechanisms affecting these genes. Biopsy samples were taken from the shoulder region anagen (September), catagen (January) and telogen (March) phases, considering that examining that the events occurring between lint and the microenvironment may be instructive in improving quality. RNA was isolated from these biopsy samples and differentially expressed genes and the pathways affected by these genes were evaluated using RNA sequencing method. It has been observed that the expression of KRTAP8-1, KRTAP16.4 and KRTAP21-1 genes was quite high in the group which catagen and telogen phases were compared in Eskisehir variety females. Interestingly, KRTAP21-1 gene was found to be expressed in four different protein isoforms. In Eskisehir variety, unlike Lalahan variety, DEGs identified in anagen-catagen comparison in males were significantly enriched in the Reactome mediated keratinization pathway and these genes were down regulated. The results showed that KRT and KRTAP genes are highly functional and have different expression patterns between males and females in addition to being different between Eskisehir and Lalahan varieties.
Description
Keywords
Ankara Keçisi, RNA dizileme